Mūrinė bažnyčia pastatyta 1842 m. Šakių dvaro sodybos barono G. fon Keudelio lėšomis kartu su pastoratu ir liuteronų parapine mokykla.  Iš pradžių bažnyčia buvo bebokštė, bokštas pristatytas 1877 m.  Sovietmečiu bažnyčioje veikė kino teatras, sporto salė, pastorato pastate - poliklinika. Bažnyčia kunigo V. Kelerto dėka 2000 m. atstatyta, o pastorato pastate 2005 m. įkurti vaikų globos namai tebeveikiantys iki šiol.