Regioninio parko paskirtis, yra išsaugoti didžiųjų Nemuno kilpų - Punios, Balbieriškio, Prienų ir Birštono - sistemą, Nemuno, Verknės, natūralių upelių slėnių struktūrą su unikaliais atragiais, dubumomis, gūbriais, atodangomis, pirmykščių Lietuvos miškų bruožus išlaikiusius Punios ir Prienų šilus su vertingomis biocenozėmis, unikalų Degsnės maumedyną; Punios piliakalnio su senovės gyvenvietės liekanomis bei Pelekonių - Dambavos piliakalnių kompleksus, Birštono kurorto ir Nemajūnų urbanistinius kompleksus, Naravų ir Siponių kaimų kraštovaizdžių kompleksus bei kitas kultūros paveldo vertybes.