Kūlupėnų vaikų darželio patalpose buvo įrengta ir 1993 m. konsekruota koplyčia. 2003 m. architektas Leonas Laimutis Mardosas parengė bažnyčios projektą, kurį bendruomenė įgyvendino 2006–2014 m. Bažnyčia tituluota Žemaičių vyskupo Motiejaus Valančiaus garbei.